Der BfD EKD führt seit 2021 auftragsgemäß und in einem zweijährigen Rhythmus sogenannte Schwerpunktprüfungen durch.

Eine Schwerpunktprüfung ist für den BfD EKD eine anlasslose Prüfung in einem kirchlichen oder diakonischen Tätigkeitsfeld mit dem Ziel der kontinuierlichen Verbesserung des Datenschutzes in den geprüften Einrichtungen.